Es wird berichtet, dass der Kölner Erzbischof Siegfried im Jahre 1281 in Eckendorf eine Kapelle zu Ehren des hl. Johannes errichtet haben soll.
1365 wird von einer Kirche mit Friedhof berichtet.
Diese soll im 15. oder 16. Jahrhundert ersetzt worden sein durch eine neue zu Ehren der heiligen Cosmas und Damian.
Im Inventarverzeichnis von Pastor Witsch aus dem Jahr 1847 führt dieser allerdings aus, die vorhandene Kirche sei aus dem 13. Jahrhundert.
Am 16. Januar 1890 tritt Pfarrer Anton Hartmann das Amt des Seelsorgers in Eckendorf an und er beschreibt recht anschaulich den baulichen Zustand der Kirche: „Beim Antritte der Pfarrei Eckendorf, am 16. Januar 1890, fand ich eine kleine, sehr alte, armselige Kirche, die eher den Namen ‚Kapelle‘ verdiente. Sie war sehr niedrig, hatte eine Muldendecke, war feucht und ungesund. Die Decke hatte sich nach der rechten Seite hin stark gesenkt (30 cm), die Mauern waren gerissen. Vorn auf der Westseite, auf welcher die Tür sich befand, saß ein unschönes Türmchen (Dachreiter) auf dem Gebäude. Das Türmchen wankte beim Läuten hin und her. Unter meinem Vorgänger Herrn Peter Jos. Witsch, welcher 40 Jahre lang Pastor hier war, war die Kirche mit Eisenstangen verankert worden, die Risse durch starken Verputz zugeschmiert worden, diese aber waren wieder zum Vorschein gekommen und hatten sich erweitert. Nach mehrmaliger genauer Besichtigung der Kirche und des Glockenturmes war ich von der Baufälligkeit überzeugt. […] Die Sakristei, welche vor dem Chore nach Osten hin stand, war nicht minder baufällig. Der Hochw. Herr Weihbischof Heinrich Feiten zuckte und sah erschrocken nach der Decke, als ob er den augenblicklichen Einsturz befürchte, als er am 7. August 1891 gelegentlich der kirchlichen Visitation die Sakristei betrat mit den Worten: ‚Nun, das sieht aber gefährlich aus.‘ Die Mauern waren gerissen und nach außen gewichen, die Decke hatte sich in der Mitte derart gesenkt, dass sie jeden Augenblick einzustürzen drohte. Kein Handwerker wagte es, eine Reparatur vorzunehmen, weil, wie sie sagten, es gefährlich sei, sich daranzugeben. Also die Kirche, Turm und Sakristei total baufällig.“
Nach langen, zähen Verhandlungen von Pfarrer Hartmann mit den Behörden, dem Bischof, dem Bürgermeister, ja sogar mit den Pfarrangehörigen beschließt der Kirchenvorstand in seiner Sitzung am 11. Januar 1893 den Vertragsabschluss mit dem Baumeister Anton Becker zu Bonn über den Neubau der Kirche.
Am 14. März 1893 beginnen die Abbrucharbeiten der alten Kirche. Beim Abbruch der alten Kirche stellt sich erst recht ihre Baufälligkeit heraus. Es ist überliefert, dass „der Zimmermann sagte, wenn man gewusst hätte, wie es hier gestanden, wäre niemand so kühn gewesen, sich an die Kommunionbank zu knien oder den Chor zu betreten.“
Ob es sich bei der 1893 abgebrochenen Kirche um einen „Neubau“ aus dem Jahr um 1300 bzw. des 15./16. Jahrhundert oder gar um die erstgenannte Kapelle des Jahres 1281 handelt, lässt sich leider nicht mehr feststellen. Pfarrer Hartmann berichtet, dass man bei den Abbrucharbeiten keinen Grundstein und keine Urkunde gefunden habe.
(Aus dem Buch "100 Jahre Eckendorfer Pfarrkirche - Rund um den Kirchturm". Das Buch ist 1993 erschienen, Verlag und Druck: Warlich Druck und Verlagsges.m.b.H., Meckenheim. Alle Rechte und Vertrieb: Katholische Kirchengemeinde, Eckendorf)